Konsep pendidikan yang diusung oleh SDIT Arafah adalah keterpaduan antara kurikulum pendidikan nasional da agama islam serta mensinergikan anara kecerdasan kognitif, psikomotorik, afektif dan spiritual. Dengan metode pembinaan karakter melalui program-program kegiatan dan pembiasaan seperti, pembelajaran agama yang dikembangkan melalui aspek ibadah sehari-hari yang mencakup tadarus Al-Qur'an dan tahfiz setiap hari, shalat sunnah Dhuha, Shalat Zuhur berjamaah, Shalat Ashar berjamaah serta penerapan budi pekerti luhur sehari-hari.